民國34年，台灣光復後，台灣大學創立，農學院共有7個學系，本系之前身，畜牧獸醫學系亦列其中，直至民國48年，畜牧獸醫學系分設為畜牧系和獸醫系，民國58年，本系增設畜牧學研究所碩士班，而於民國70年再設研究所博士班，民國81年，更名為畜產學系，民國94年，更名為「動物科學技術學系」。
本系為一兼具教學、研究、實習與休閒等功能之園區，分設學士班及碩、博士班，培養具動物科學專長之人才。配合國際趨勢及社會發展，本系訂定教育目標為培育具備經濟、實驗及伴侶動物飼養管理能力、熱衷應用科學研究、符合環境及產業需求、兼顧動物與人類福祉之人才。逐年逐步修正課程規劃方向為固守基礎課程，以「乳牛、豬、家禽、伴侶動物、實驗動物」為課程主軸，基礎與應用科學課程為輔助。